1996年，公司的前身－通审审计软件有限公司成立，成为中国第一家专业研发审计软件的公司。

2002年原财政部安易软件公司成立审计业务拓展部，正式进军审计软件市场。

2003年，原通审审计软件公司主要人员成立中审华科软件技术有限公司，研发出第一代标准的审计作业软件产品，并荣获“国家星火技术研究奖”。

2003年用友并购安易公司，成立用友政务软件公司。2004年用友政务软件有限公司并购中审华科软件技术有限公司，成立审计软件事业部，并研发出“联网审计系统”、“审计管理系统”和“审计作业系统”软件。成为国内软件产品线最全、技术最先进、服务网点最广的审计软件供应及服务商。

2005年，用友审计软件--审易4。5V荣获中国软件行业协会优秀软件荣誉称号。

为了加快审计业务的发展，用友软件集团决定把用友政务审计事业部升格为独立的公司。

2006年3月16日，北京用友审计软件有限公司成立，本着“专业、诚信、执着”的企业精神，专心致力于审计软件研发，目标成为中国审计软件第一品牌。

2006年9月，公司产品获得国家版权局颁发的《软件著作权登记证书》。

2006年9月，公司被北京市科委认定为“高新技术企业”。

2006年11月，用友审计公司又成功并购由一批留美博士创办的北京诺德迅科技有限公司。强强联合后的用友审计公司在产品、技术、品牌、销售渠道、管理及人才积累等各方面优势明显，进一步拉大了与二线品牌的距离。

2006年12月，公司被北京市软件行业协会认定为“软件企业”。

2007年5月，公司发布新一代审计作业软件与税务查账软件，标志着中国审计作业软件、数字化税务查账软件全面进入3G时代。

2007年9月，公司成功推出“中国第一套联网审计软件”，取得中国审计信息化关键应用技术的重大突破。

2007年10月，公司获中关村园区推荐１０佳创新型中小企业参加“中关村项目推荐及投资洽谈会”。

2007年12月，公司获中关村科技创新基金支持。

2008年1月，用友审计作业系统（审易）A460、用友数字化税务查账系统（税易）V3.0双双荣获中国软件行业 协会“2007年度优秀软件产品”荣誉称号。

2008年1月，公司被北京中关村高新技术企业协会评为“2007年中关村最具发展潜力十佳中小高新技术企业”。

2008年3月，公司自主研发的“用友数字化税务查账系统V3.0”被列入“2007年度北京市火炬计划”市级项目。